Mangnall byl první manager ( můžeme říci i správce ) Manchesteru United a prožil zde velmi úspěšné období , které je v klubové historii často přehlíženo. Po angažmá v Boltonu se v roce 1903 stal managerem United. Během dvou let se z týmem dostal do první divize. V roce 1908 vyhrál z klubem divizní šampionát a o rok později v roce 1909 vedl klub do finále FA Cupu ve kterém United porazili Bristol City 4-2. Úspěchům ještě nebyl konec , protože sezona 1910-11 znamenala vítězství v první divizi. Klíčovými hráči v době Ernesta Mangnalla byly například kontroverzní Velšské křídlo Billy Meredith a nebo třeba obránce Charlie Roberts.

Mangnall je prvním managerem , který z klubem dokázal vyhrát Charity Shield a to v roce 1908 a poté ještě roku 1911. O rok později odešel do konkurenčního městského klubu Manchester City ,ale nebyl zde schopen zopakovat úspěchy , kterých dosáhl v United. Můžeme říci , že City se pod jeho vedením moc nedařilo, přesto zde strávil 13 let svého života. Mangnall byl ovšem vynikající manager pod kterým Manchester United ukázal svojí sílu.