Príbeh Manchestru United sa začal v roku 1878, keď zamestnanci Lancashirskej a Yorkshirskej železničnej spoločnosti požiadali svojho zamestnávateľa o povolenie založiť futbalový klub a o sponzorský príspevok na činnosť klubu. Toto povolenie dostali a klub Newton Heath L&YR(Lancashire&Yorkshire Railway) uzrel svetlo sveta. Svoje zápasy hrali na ihrisku na North Road, neskôr sa presťahovali na Monsall Road. Zo začiatku hrávali proti ostatným zamestnancom  v rámci ich železničnej spoločnosti, ako aj voči zamestnancom iných železničných spoločností. V roku 1885 sa zúčastnili Manchesterského pohára a nasledujúci rok túto súťaž aj vyhrali.

Aj keď neboli dosť dobrý, aby hrali Futbalovú ligu (the Footbal League), nad súpermi v lokálnej súťaži väčšinou víťazili. Prvých 10 mesiacov v roku 1888 neprehrali na domácom ihrisku ani raz. V roku 1889 došlo k úspešnej realizácii myšlienky založiť medzimestkú futbalovú ligu a skupina dvanástich klubov (vrátane Newton Heath) založili Futbalovú alianciu (the Football Alliance). V prvom ročníku tejto súťaže skončili na ôsmom mieste. V nasledujúcom roku došlo k pretrhnutiu väzieb medzi klubom a železnicou a z mena klubu vypadla skratka „LYR“. Hoci táto spoločnosť prestala klub sponzorovať, väčšinu hráčov však stále tvorili zamestnanci LYR. Rok 1892 bol pre klub úspešný, „Heathens“ skončili druhý za Nottinghamom Forrest, keď prehrali len tri stretnutia za celú sezónu. V tom istom roku došlo k splynutiu Futbalovej aliancie a Futbalovej ligy a Newton Heath spolu s Nottinghamom Forrest boli pozvaný do First Division. Klub však skončil na poslednom mieste a len výhra v play-off nad Small Heathon ich zachránila pred pádom do Second Division. V roku 1893 sa klub presťahoval na Bank Street, do blízkosti chemickej továrne. Bolo to údajne preto, aby za nepriaznivého stavu, továreň začala chŕliť popol, ktorý mal znepríjemňovať život súperovi. Ani to však nepomohlo a v sezóne 1893-1894, opäť skončili v lige posledný a museli hrať play-off o udržanie sa v najvyššej súťaži. Tentokrát hrali proti Liverpoolu a po prehre 0:2 Newton Heath získal nelichotivé prvenstvo- bol prvým mužstvom, ktoré zostúpilo do nižšej súťaže.

Finančná situácia sa začala zhoršovat, čo malo za následok aj zhoršené výkony tímu. Klub dosiahol 10.miesto v roku 1901, zisk z predaja lístkov na zápasy ani zďaleka nestačil na pokrytie výdajov a tak Newton Heath sa odhodlal uskutočniť dražbu na získanie peňazí. Jednou z atrakcií na dražbe bol aj pes- bernardín, ktorý ale po ukončení dražby utiekol. Tento pes sa potom objavil pri dome biznismena Johna Henryho Daviesa. Jeho dcéra začala hľadať, komu patrí pes a a vďaka tomu nevedomky zachránila klub. Práve stratenie a znovunájdenie tohto psa viedlo k stretnutiu kapitána vtedajšieho tímu Harryho Stafforda a pána Daviesa, ktorý sa spolu s ďalšími investormi rozhodli poskytnúť 2000 £ a zachránil tak klub od bankrotu. John Henry Davies sa stal prezidentom klubu a 28. apríla 1902 premenoval klub na MANCHESTER UNITED FOOTBALL CLUB. Tento názov sa mu zdal najvhodnejší (uvažoval aj o názve Manchester Celtic alebo Manchester Central). Takisto došlo k zmene klubových farieb na červenú a bielu.

V roku 1903 došlo k ďalšej významnej udalosti a to angažovaniu prvého ozajstného manažéra. Bol ním J. Ernest Mangnall, charizmatický novinár, ktorý vedel ako pracovať s médiami. Pod jeho vedením klub skončil na treťom mieste v Second Division. V nasledujúcej sezóne Manchester United dosiahol rekord, keď neprehral medzi septembrom 1904 a  februárom 1905 v 18 po sebe nasledujúcich stretnutiach . Mangnall vytvoril prvý úspešný tím United, priviedol viacerých kvalitných hráčov a v roku 1906 postúpil do First Division a dostal tím aj do štvrťfinále FA Cupu. Medzi hráčmi, ktorí sa dostali do klubu vďaka Mangnallovi bol aj Billy Meredith, legendárny krídelník, ktorý bol najlepším hráčom svojej doby. Ďalšími jeho nákupmi boli Herbert Burgess, Alec „Sandy“ Turnbull a Jimmy Bannister, ktorých získal z Manchestru City. V roku 1908 United aj vďaka týmto hráčom vyhral po prvýkrát ligovú trofej. Ďalší úspech prišiel o rok, keď United vyhrali FA Cup po víťazstve 1:0 nad Bristolom City. Gól strelil Sandy Turnbull a za muža zápasu bol vyhlásený Bille Meredith.

Rok 1909 bol významný nielen vďaka zisku FA Cupu, ale aj z ďalšieho dôvodu. Práve v tomto roku si John Henry Davies požičal na tú dobu obrovskú sumu 60 000£, aby tak docielil presťahovanie United na Old Trafford. Prvý zápas na novom štadióne sa odohral 19. februára 1910. Súperom bol Liverpool, ktorý vyhral 4:3 po vyrovnanom priebehu zápasu a pokazil tak oslavy prvého zápasu na novom štadióne. Ernest Mangnall priniesol United do prvej úspešnej éry, keď klub pod jeho vedením vyhral dva krát ligu (1908, 1911) a FA Cup(1909). Práve po druhom triumfe v ligovej súťaži Mangnall klub opustil a zamieril k mestkému rivalovi- Manchestru City. Klub bez tohoto úspešného manažéra výrazne stagnoval a od zostupu v roku 1914 ho zachránilo len prerušenie súťaže v dôsledku prvej svetovej vojny. Vo vojne však zahynul Sandy Turnbull.

Ligová súťaž sa znova začala hrať v roku 1919, United skončili na dvanástom mieste. Najhoršie ešte len malo prísť- v sezóne 1921/22 vyhrali len 8 stretnutí zo 42 a zostúpili, mužstvo opustil aj Billy Meredith, ktorý nasledoval svojho manažera do Manchestru City. Postúpiť do najyššej súťaže sa United podarilo v roku 1925, kedy skončili druhý za Leicestrom City. Rok 1927 bol pre United tragický. Zomrel  muž, ktorý zachránil klub pred zánikom- John Henry Davies. Miesto prezidenta klubu zaujal GH Lawton. Na post manažéra sa dostal Herbert Bamlett, ktorý ale nenadvizal na predošlú úspešnú éru a klub sa opäť dostal do veľkých finančných problémov. Ďalšia výrazná finančná vzpruha bola potrebná. Tak došlo k vstupu Jamesa W. Gibsona do klubu, ktorý investoval  30 000£ pod podmienkou, že sa stane predsedom klubu a vymenuje vedenie klubu podľa svojho uváženia. Vymenoval aj nového manažéra, ktorým bol Scott Duncan. Bol to bývalý hráč a v tej dobe to bola úplná novinka, aby na poste manažéra bol bývalý hráč.

V roku 1934 United dosiahol najhoršie umiestnenie v celej svojej histórii. Posledný hrací deň bol United druhý od konca v Second Division a hrali proti Milwallu, ktorý bol bod pred nimi. Tento zápas však United vyhral 2:0 a vyhol sa tak zostupu o jediný bod. Ďalšia sezóna už bola priaznivejšia a United skončil piaty. V roku 1936 vyhral Second Division, keď neprehrali v posledných 19 zápasoch sezóny. Radosť však bola veľmi krátka. Nasledujúcu sezónu klub opäť zostúpil a  Scott Duncan rezignoval. Napriek dlhom vo výške 70 000 £, sa United podarilo opäť postúpiť do najvyššej súťaže a skončiť v poslednej seóne pred vypuknutím druhej svetovej vojny na 14.mieste