1986-1998

Len niekoľko hodín po tom, čo bol prepustený Atkinson, United získali za manažéra Alexa Fergusona z Aberdeenu, ktorý mužstvo dokázal dostať z pásma zostupu na 11. priečku ligovej tabuľky. Pred koncom sezóny získal Viv Andersona, Briana McClaira a na začiatku ďalšej sezóny aj Stevea Brucea. V sezóne 1987/88 sa United neúspešne snažilili dohnať 17 bodovú stratu za vedúcim Liverpoolom.a skončili nakoniec druhí 9 bodov za víťazom z Liverpoolu. Na konci sezóny sa fanúšikovia dočkali návratu Marka Hughesa po jeho zahraničnom pôsobení v Barcelone a Bayerne Mníchov. Aj sériou viacerých zranení došlo k poklesu formy v sezóne 1988/89 a Ferguson tak začal dávať priestor mladým hráčom. Napriek tomu, bol terčom kritiky a mediálnych špekulácií, ktoré uvažovali o jeho konci na Old Trafforde. Navyše predseda klubu bol pripravený predať klub za 20 miliónov libier Michaelovi Knightonovi, ten však nakoniec z tohto obchodu vycúval. V lete 1989 Ferguson získal Neila Webba, Paula Incea a Garryho Pallistera, ktorý mali pomôcť tímu útočit na ligový titul. Forma Neila Webba však po zranení v zápase anglickej reprezentácie výrazne poklesla a ani nová akvizícia Garry Pallister, ktorý napriek tomu, že bol v tej dobe najdrahším obrancom, keď prišiel za 2,3 milióna £, v prvej sezóne ďaleko zaostal za očakávaniami.

Napriek desivému začiatku sezóny 1989/90 a prehre 5:1 v derby so City sa sezónu podarilo zakončiť víťazstvom v FA Cupe nad Crystal Palace, ktorý manažoval bývalý hráč United Steve Coppel. Začala sa tak najúspešnejšia éra v histórii United. Sezónu 1990/91 United kvôli kolísajúcej forme ukončil na šiestom mieste. Dostal sa do finále League Cupu (Ligového pohára), no mužstvu sa v ňom  nedarilo a podľahlo druhodivíznemu Sheffieldu Wednesday v čele s bývalým manažérom United Ronom Atkinsonom. Sezónu United ukončil fantasticky a to výhrou 2:1 nad Barcelonou vo finále Pohára víťazov pohárov v Rotterdame. Obidva góly strelil svojmu bývalému mužstvu Mark Hughes a veľmi dôležitý bol aj zákrok Claytona Blackmora v poslednej minúte zápasu, ktorým uchránil United od hrozby predĺženia. Takisto v roku 1991 Manchester United vstúpil na Londýnsku burzu, keď bol ocenený na 18 miliónov libier. Klubové financie sa tak dostali pod verejný dohľad a klub sa stal zranitelnejší voči prípadnému prevzatiu investormi.

Sezónu 1991/92 začali United veľmi dobre a na Nový rok boli na čele ligovej tabuľky. Ani to však nestačilo na celkový primát, lebo skončili kvôli poklesu streleckej formy na druhom mieste za Leedsom. Napriek výhre v League Cupe túto sezónu nebral United ako priveľmi úspešnú. Svetlým bodom však boli výkony nesmierne talentovaného mladíka  Ryana Giggsa, ktorý bol vyhlásený za najlepšieho mladého hráča sezóny. Ďalšiu sezónu nezačali United veľmi dobre. Zlomovým bodom bol nákup Erica Cantonu v novembri 1992, ktorý výraznou mierou pomohol Leedsu získať ligový titul v predošlej sezóne. United aj vďaka tomuto Francúzovi začal šliapať na plné obrátky a na konci sezóny sa tešil z ligového titulu po dlhých 26 rokoch. Ryan Giggs opäť získal honor najlepšieho mladého hráča sezóny.     Na konci víťaznej sezóny United zlomili prestupový rekord, keď za 3,75 milióna libier získali z Nottinghamu Forrest 22 ročného írskeho stredného záložníka Roya Keana. Ferguson v ňom videl dlhodobú náhradu za starnúceho Bryana Robsona, ktorý ostal na Old Trafforde ešte jednu sezónu a potom sa stal hrajúcim manažérom Middlesbrough.

Celú sezónu 1993/94 United viedli ligovú tabuľku a skončili 7 bodov pred Blackburnom. Eric Cantona strelil vo všetkých súťažiach dohromady 25 gólov a hráči ako Paul Ince, Mark Hughes, Ryan Giggs a Lee Sharpe sa rovnomerne podelili o väčšinu ostatných gólov. United sezónu zakončili víťazstvom 4:0 vo finále FA Cupu nad Chelsea. Vo finále skóroval dvakrát Eric Cantona z penált a stal sa aj hráčom roka v Anglicku. Táto sezóna ostane v pamäti aj kvôli veľmi smutnej udalosti a to smrti Sira Matta Busbyho 20. januára 1994. United postúpili aj do finále League Cupu, v ktorom však kvôli trestu nastúpili bez svojej brankárskej opory Petra Schmeichela a podľahli Aston Ville.

V sezóne 1994/95 United bol stále na prvých stranách novín, ajkeď často nie tak, ako by si to všetci želali. Eric Cantona dostal 8 mesačný dištanc za jeho kung-fu kop do fanúšika Crystal Palace, ktorý nasledoval po jeho vylúčení v Selhurst Parku. Takisto musel odpracovať 120 hodín verejnoprospešných prác. United boli dlhú dobu bez hráčov ako Paul Parker, Ryan Giggs a Andrei Kanchelskis, ktorých sužovali dlhodobé zranenia. Na druhej strane United opäť raz zlomili prestupový rekord, keď získali za 7 miliónov £ útočníka Newcastlu Andyho Colea, ktorý mal byť nástupcom Marka Hughesa v útoku. Kvôli trestu Cantonu to bol práve Hughes, kto vytvoril útočnú dvojicu s Coleom. United takmer vyhrali titul po tretí raz v rade. V poslednom zápase stačilo vyhrať na pôde West Hamu, ale United len remizovali 1:1 a aj napriek prehre Blackburnu v poslednom zápase sezóny United skončil na druhom mieste za Blackburnom. Zverenci Alexa Fergusona neuspeli ani vo finále FA cupu, keď podľahli Evertonu 1:0 a sezónu zakončili bez trofeje prvýkrát od roku 1989.

Pred začiatkom sezóny 1995/96 United predali troch hviezdnych hráčov- Paula Incea do Interu Miláno, Marka Hughesa do Chelsea a Andreia Kanchelskisa do Evertonu dokopy za 14 miliónov £. Každý očakával, že získané peniaze Ferguson investuje do nákupu špičkových hráčov. Spomínali sa mená ako Roberto Baggio, Marc Overmars, Darren Anderton, David Platt (ktorý hrával v minulosti za mládežnícke výbery United) a Paul Gascoigne(ktorý v roku 1988 uprednostnil ponuku Tottenhamu pred ponukou United). Sezónu však klub začal bez výrazného nákupu s hráčmi z mládežníckeho družstva United- David Beckham(20 rokov), Garry Neville(20), Phillip Neville(18), Paul Scholes(21) a Nicky Butt(20) nastúpili v úvodnom zápase sezóny v ktorom podľahli Aston Ville 3:1. Väčšina odborníkov mužstvo odpisovala a nedávala mu šance v porovnaní s Newcastlom, Liverpoolom a Arsenalom, ktorí výrazne nakupovali. Najznámejším sa stal výrok bývalého hráča Liverpoolu Alan Hansena, ktorý povedal: „Nemôžete vyhrať titul s tímom detí“. Alex Ferguson nedal na rady kritikov a po návrate Erica Cantonu po odpykaní trestu, United začali stíhaciu jazdu za Newcastlom, keď pred Vianocami strácali na súpera10 bodov. Na čelo tabuľky sa United dostal už v polovici marca, keď porazili v St.James‘ Parku Newcastle. Sezónu zakončili presvedčívým víťazstvom vonku prot Middlesbrough 3:0 a ziskom titulu. O týždeň zdolali vo finále FA Cupu Liverpool 1:0 a stali sa prvým mužstvom, ktorý vyhralo double (víťazstvo v lige aj v FA Cupe) dvakrát. Eric Cantona skóroval 19 gólov, bol vyhlásený za hráča roka a nadchol všetkých novinárov svojimi excelentnými výkonmi po odpykaní si trestu. Zároveň prevzal kapitánsku pásku po odchode Stevea Brucea do Birminghamu City. Táto sezóna patrila k najúspešnejsím v klubovej histórii a tento úspech bol o to cennejší, že pred sezónou  mladé mužstvo United všetci odpisovali.

V sezóne 1996/97 vyhrali United štvrtý titul z posledných piatich rokov. V tejto sezóne sa začal presadzovať dovtedy málo známy Ole Gunnar Solskjaer, ktorý prišiel z nórskeho Molde za 1,5 milióna libier a strelil 19 gólov vo všetkých súťažiach. Ryan Giggs, David Beckham a Garry Neville predvádzali výborné výkony, na druhej strane Ericovi Cantonovi a Andymu Coleovi nevyšla sezóna úplne podľa predstáv. Po vyradení FC Porto celkovým skóre 4:0 United skončili v semifinále Ligy majstrov, keď s veľkou dávkou smoly neprešli cez neskoršieho víťaza Borussiu Dortmund. Najdrahším nákupom sezóny bol Karel Poborský, 23 ročný hráč českej reprezentácie, ktorý zažiaril na EURO 96 v Anglicku a prišiel za 3,5 milióna libier. Na pravej strane zálohy sa však kvôli vynikajúcej forme Davida Beckhama nepresadil. Na konci sezóny spôsobil obrovský šok Eric Cantona, keď oznámil, že končí s futbalom. Bolo to len pár dní predtým ako dosiahol 31.narodeniny. Cantona objasňoval svoj skorý odchod z futbalu tým, že chce odísť na vrchole kariéry. Jeho náhradou bol reprezantant Anglicka Teddy Sheringham, ktorý prišiel za 3,5 milióna liber z Tottenhamu. Spočiatku sa mu vôbec nedarilo, no neskôr začal splácať peniaze do neho vložené vo veľkom štýle. Sezóna 1997/98 bol veľkým sklamaním a United sa museli skloniť pred majstrom, ktorým sa stal Arsenal. United skončili sezónu len druhý krát v 90.rokoch bez trofeje. Krátko po skončení sezóny United výrazne posilňovali a vydali na prestupy rekordnú čiastku 28,35 milióna libier. Do mužstva prišli Jaap Stam, Dwight Yorke a Jesper Blomqvist a mali pomôcť vrátiť United na výslnie.