V průběhu Druhé světové války se toho kolem fotbalu moc netočilo, ovšem po ní se začaly dít věci.
1940-1949
V době, kdy vypukla Druhá světová válka, fotbal upadl do zapomění. Lidé mezi léty 1939-1946 nemysleli na nic jiného, než na válku. Ovšem i přes absenci ligového fotbalu byl Old Trafford ve středu pozornosti. 11. března 1941 byl stadión pod útokem německých letounů. Při bombardování byla zničena hlavní tribuna na stání, byly zničeny šatny a kanceláře. Byl to ničivý úder, ale za pár let se opět stadion mohl dočkat slávy.
Přišlo to s mužem, který se jmenoval Matt Busby. Tento muž by mohl být uváděn, jako nejdůležitější osoba v historii Manchesteru United. Tento bývalý hráč Liverpoolu a Manchesteru City sloužil v Královské armádě, kde jeho vůdcovské schopnosti vypluly na povrch. Tyto kvality nemohly uniknout pozornosti United. Původně v roce 1945 podepsal s Rudými ďábly 5letou smlouvu. Ovšem, kdo by tehdy mohl tušit, že zůstane u klubu neuvěřitelných 25 let?
Busby nestrácel čas, hned se ukázal v dobrém světle. Změnil pozice některých důležitých hráčů a také objevil "Slavnou pětku" útočníků, když přivedl a dal dohromady Jimmyho Delaneyho, Stana Pearsona, Jacka Rowleyho, Charlieho Mittena a Johnyho Morrise. Asi největší příchod ovšem nebyl v řadách hráčů, ale na trenérské židli. Během války se Matt seznámil s jistým Jimmym Murphym a stali se velkými přáteli. Objevil v něm talent a věděl, že on bude tím pravým asistentem. Tento pár se dal dohromady a United se stávali silnější a silnější ve světovém fotbale.
Busbyho a Murphyho prvním krokem na cestě ke slávě, byl úkol, dokázat postavit tým, který by byl schopen přijmout výzvu všech klubů z domácí soutěže a získávat trofeje. A hned na první pokus byli úspěšní. V první sezóně po válce, 1946/47, skončili druzí ve Football League za Liverpoolem. Bylo to nejlepší umístění za posledních 36 let a po tom, co ve stejné sezóně hráči Rezervy vyhráli League Championship, byly zde důvody k optimismu.
Busbyho směs místních mladých hráčů a ustálených hráčů základní sestavy, vyhrála svůj první pohár následující rok, když ve finále FA Cupu porazili Blackpool. Bylo to na den přesně 39 let od doby, kdy v roce 1909 vyhráli FA Cup naposledy. FA Cup v tom roce byl také první trofejí, od doby, kdy naposledy United vyhráli ligu v roce 1911. Právě ligový titul byl hlavním cílem pro Matta Busbyho a jeho svěřenců. Během pěti let, co Matt po válce trénoval, United čtyřikrát skončili v lize druzí a jednou, v sezóně 1949/50, čtvrtí.
Honba za tituly a trofejemi přilákala zpět fanoušky. Přes jeden milión si v sezóně 1947/48 koupilo lístky na zápas, což částečně vytáhlo klub z dluhů, které měl. Samozřejmě tito fanoušci nechtěli dlouho čekat na to, až je tým odmění v podobě titulu, po kterém tolik toužili.
1950-1959
Na počátku padesátých let se rozpadal Busbyho tým, který v roce 1948 vyhrál FA Cup. Nikdo nesouhlasil s odchodem Johnyho Morrise do Derby a Charlieho Mittena, který své umění na křídle šel uplatňovat do Kolumbie. Fanoušci se strachovali, ovšem brzy se to uklidnilo. Busby si vymyslel plán, který měl podporoval hlavně mladé hráče. Začal s tím už na konci 40. let. Jackie Blanchflower a Roger Byrne byli první. Noviny je nazvali "Babes" a při jejich debutu v sezóně 1951/52 United vyhráli League Championship poprvé od roku 1911.
V sezóně 1955/56 a 1956/57 Byrne zvedl nad hlavu Mistrovský pohár jako kapitán mladého týmu, který zahrnoval hodně hráčů z Busbyho akademie. Eddie Colman, Mark Jones, David Pegg byli pravidelnými hráči prvního týmu, ale vylámali si zuby v mládežnickém FA Cupu, který United vyhráli od jeho založení v roce 1953 čtyřikrát za sebou. Samozřejmě nejenom mladí talenti byli ve středu Busbyho pozornosti. Manažer United se stejně rád vrhal do přestupních obchodů, jako uváděl nové posily za hodně peněz. Například osvědčení internacionálové jako Tommy Taylor nabo Harry Gregg.
Další mladý muž, který exceloval v klubu a v Zemi, byl Duncan Edwards. Byl tak silný, talentovaný a vyzrálý, že ho manažer Matt Busby nemohl nadále držet mimo první tým. Takže se v dubnu stal nejmladším hráčem, co kdy hrál ve First Divison. Tehdy mu bylo 16 let a 185 dní.
Jeden ze zápasů, který symbolizoval novou éru "Busby Babes", byl proti Arsenalu na Highbury. 1. února 1958, před zraky 63 tisíc diváků, United porazili Arsenal v napínavém zápase 5:4. Tehdy se trefili Edwards, dvakrát Taylor, Bobby Charlton a Dennis Viollet. Bohužel, zápas, který byl snad jejich nejlepším na anglické půdě, byl určitě jejich posledním. Z Highbury se Babes přesunuli do Bělehradu, kde hráli odvetný zápas Evropského poháru s Červenou hvězdou Bělehrad. Vyhráli rovněž 5:4, ale oslavy na cestě zpět přerušila tragédie.
Po natankování v Mnichově, se letadlo 6. února 1958 zřítilo po nepovedeném vzletu a 22 lidí, včetně 7 hráčů zemřelo. Mezi mrtvými hráči byli Byrne, Colman, Jones, Pegg, Taylor, Geoff Bent a Liam Whelan. Osmý hráč, Duncan Edwards, zahynul na následky svého zranění po 15 dnech v německé nemocnici. Klub, město Manchester a celá Anglie vstoupila do dlouhého období smutku. Zdálo se být nemožné, aby se United mohli znovu vrátit po tak strašné ztrátě.
Ale poté, co se Busby zotavil z jeho zranění, které při nehodě utrpěl, se tým odrazil ze dna a pomalu se vrátil zpět. Ještě v téže sezóně v květnu, prošli až do finále FA Cupu, kde prohráli s Boltonem. Přesně rok poté, co prohráli ve finále s Aston Villou. Dokonce v sezóně 1958/59 skončili v League Championship na druhém místě. Od té doby přišlo opět přechodné období, když Matt Busby budoval nový a lepší tým, pro další a lepší období.
