Několik zranění vyloučilo Garyho Nevilla ze hry v sezóně 2008/09. Anglický obránce doufal, že bude se svým týmem opět hrát a dovede je jako kapitán k dalším úspěchům, to se ale nestalo.
Sir Alex Ferguson od začátku sezóny 2008/09 dával pravidelně šanci Garymu. Fergie mu dal šanci v Community Shield Cupu, Superpoháru a také v prvním zápase Ligy Mistrů proti Villarrealu.
Gary hrál také v Premier League proti Chelsea a nutno říct, že si počínal skvěle.
Neville jezdil jako za mlada po pravé straně obrany a přesvědčil všechny fanoušky United, že kapitán Red Devils je zpět. S kapitánskou páskou nastupoval tak jako kdysi.
Nejlepší zápas odehrál v prosinci proti Stoke City na Britannia Stadion. Neville odehrál perfektní zápas a pomohl svému týmu k důležité výhře 1:0.
Další zápas čekal hráče United proti Sunderlandu. V tomto zápase proti Black Cats Neville hrál zase skvěle a zachránil tým od inkasované branky. Fenomenálně zasáhl proti střelám Caluma Davenporta a Kenwyana Jonese.
V lednu tohoto roku ale přišly opět problémy, které vyřadily Nevilla na dva měsíce ze hry. Když už se zdálo, že je Neville připraven hrát, nastoupil proti Portsmouthu. Na hřišti ale vydržel pouze 13 minut. Se zraněním musel střídat. Gary musel do konce sezóny sledovat United pouze z tribuny. Nejsmutnější podívanou asi viděl v Římě ve finále Ligy Mistrů.
V této sezóně odehrál 29 skvělých zápasů. Neville v únoru prodloužil svůj kontrakt s Manchesterem United do června roku 2010.
" Je velmi motivován, aby byl částí týmu. Každý tréning je pro něj důležitý, vždy se chce ukázat. Jeho návrat po 18-měsíční pauze byl úžasný," řekl Sir Alex Ferguson.
Souhrn sezóny 2008/09Premier League: 16 zápasů
Liga Mistrů: 4 zápasy
FA Cup: 2 zápasy
Carling Cup: 3 zápasy
Jiné: 4 zápasy
Celá sezóna: 29 zápasů, 0 branek
Celkově v klubu: 570 zápasů, 7 branek